La máxima jerarquía de la Junta Departamental es su Presidente, que se elige en forma anual, conjuntamente con dos vicepresidentes. Según lo establece el Reglamento Interno de la Corporación, la Mesa está integrada por el Presidente y el Secretario General, que son los encargados de firmar toda la documentación oficial del Organismo.
Período julio 2018-2019
Presidente: Washington Gallardo - Frente Amplio
Vicepresidente: Mauro Valiente - Frente Amplio
Vicepresidente: Silvia Fernández - Partido Colorado
Directora General de Secretaría (interina) Graciela Inthamoussu
La Junta Departamental de Paysandú, es el Órgano Legislativo Departamental que conjuntamente con la Intendencia, ejerce el gobierno dentro de los límites del departamento.
* Sus funciones específicas – establecidas en la Ley No. 9515 – son de legislación y de contralor del Ejecutivo Departamental.
* Está integrada por 31 ediles titulares y sus respectivos suplentes, que son elegidos en la misma instancia que el Intendente Departamental.